Le recours à l'abattage d'urgence est limité aux seuls animaux accidentés. L'abattage d'urgence doit être réalisé dans les 48 heures après l'accident, soit à la ferme, soit à l'abattoir.

Il est autorisé sous certaines conditions prescrites par la réglementation communautaire (paquet hygiène). Un vétérinaire doit effectuer une inspection ante mortem de l'animal. L'animal abattu et saigné doit être transporté vers l'abattoir dans des conditions hygiéniques et sans retard indu.

Le prélèvement de l'estomac et des intestins, à l'exception de tout autre habillage, peut être pratiqué sur place, sous le contrôle du vétérinaire. Tous les viscères enlevés doivent accompagner l'animal abattu jusqu'à l'abattoir et être signalés comme lui appartenant. Si plus de deux heures s'écoulent entre l'abattage et l'arrivée à l'abattoir, l'animal doit être réfrigéré. Si les conditions climatiques le permettent, la réfrigération active n'est pas nécessaire.

Une déclaration établie par l'éleveur indiquant tout produit vétérinaire ou autre traitement qu'il a administré ainsi que les dates d'administration de ces traitements et les temps d'attente doit être acheminée avec l'animal abattu jusqu'à l'abattoir.

Une déclaration établie par le vétérinaire attestant le résultat favorable de l'inspection ante mortem, la date, l'heure et le motif de l'abattage d'urgence ainsi que la nature du traitement éventuel administré à l'animal doit être acheminée avec l'animal abattu jusqu'à l'abattoir.

L'administration préconise toutefois, pour des motifs de sécurité alimentaire, que dans la mesure où le bovin accidenté depuis moins de 48 heures est transportable, il soit acheminé à l'abattoir sous couvert d'un certificat vétérinaire d'information dûment renseigné par le vétérinaire sanitaire et transmis à l'arrivée au vétérinaire officiel chargé de réaliser l'inspection ante mortem.

En vertu de l'article L. 237-2 du code rural, le fait d'abattre un animal en dehors d'un établissement d'abattage dans des conditions illicites est passible de six mois d'emprisonnement et de 15.000 € d'amende.