Depuis quelques décennies, le monde de l'horticulture et du maraîchage est le théâtre d'un développement important des cultures hors-sol. La maîtrise des itinéraires techniques, avec l'usage de substrats adaptés à chaque culture, est l'un des éléments clés de l'essor et de la performance de ces filières. Les tourbes se sont imposées sur le marché des supports de culture, principalement en raison de leurs propriétés physiques (rétention en eau, aération). Toutefois, malgré ces qualités agronomiques, les plantes cultivées sur substrats entièrement tourbeux s'avèrent peu résistantes aux maladies du sol (Pane C. et al., 2011), et des fongicides sont régulièrement utilisés pour contrôler certains agents pathogènes. C'est notamment le cas des plantes en pot, sensibles aux fontes des semis, qui causent chaque année d'importantes pertes de rendement. La communauté scientifique cherche à trouver des alternatives pour lutter contre ces maladies, prenant en compte les enjeux sociétaux et environnementaux autour, notamment, de la restriction de l'usage des produits phytosanitaires (Écophyto 2018, Grenelle de l'environnement).
Hormis sur les propriétés physiques et chimiques, le producteur peut désormais s'interroger sur les qualités microbiologiques de son substrat, lesquelles offrent de nouvelles alternatives pour lutter contre les maladies.
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