Deux arrêtés détaillent le contenu des programmes d'indemnisation et les coûts et pertes éligibles.
Les arrêtés parus le 12 avril 2012 précisent les modalités d'indemnisation liées aux fonds de mutualisation des risques sanitaires et environnementaux en agriculture, définis dans le décret du 30 décembre 2011. Ces fonds ont pour objet de contribuer à l'indemnisation des pertes économiques subies par les producteurs en raison d'une maladie animale ou d'organismes nuisibles aux végétaux, ou d'un incident environnemental. Un premier arrêté précise les maladies et organismes pour lesquels un fonds de mutualisation agréé peut présenter un programme d'indemnisation sous forme simplifiée avant la survenance du sinistre. Il s'agit, en production végétale, des organismes nuisibles faisant l'objet de mesures de lutte obligatoire ou présentant un caractère anormal ou exceptionnel, pour lesquels un ou plusieurs foyers ont été observés sur le territoire dans les douze mois précédant la date de transmission du programme d'indemnisation. Ce dernier doit préciser les types de pertes économiques indemnisables, le nombre de foyers potentiels attendus, le montant prévisionnel des pertes économiques attendues, le taux d'indemnisation...