La microflore, présente naturellement dans les sols et la rhizosphère, est complexe et diversifiée, et contient en son sein de nombreux micro-organismes bénéfiques pour les plantes. Selon les process de fabrication, les substrats horticoles peuvent être caractérisés par une microflore indigène relativement faible voire inexistante, notamment si le substrat est désinfecté avant utilisation. Cela entraîne un déficit biologique défavorable à la croissance et à la santé des plantes. L'introduction de micro-organismes bénéfiques dans les substrats, représentés majoritairement par des champignons et bactéries, permet d'augmenter le potentiel agronomique des plantes et de les protéger contre les pathogènes.
Les récentes études sur la biotisation des substrats ont permis de mieux comprendre les potentialités des micro-organismes bénéfiques qui y sont introduits, leur diversité, leurs modes d'action, ainsi que les conditions nécessaires à leur efficacité.
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