Deux modes d'action de base des micro-organismes permettent de contrôler les agents phytopathogènes. Le premier, c'est l'antagonisme qui agit par inter férence avec la croissance et/ou la survie des pathogènes. Les interactions de type antagoniste entre micro-organismes comprennent :

Les produits utilisés en lutte microbiologique contre les maladies des végétaux cultivés sont constitués d'organismes vivants : bactéries et champignons non pathogènes. Employés de manière préventive, ces micro-organismes ont montré leur efficacité.
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